Юрий Исаев проходил по делу о крупной растрате, совершённой с использованием служебного положения. Речь идёт о периоде, когда Исаев руководил ГКУ «Управление автомобильных дорог РХ». 

Согласно данным прокурорской проверки, проведенной на основании материалов УФСБ в 2022 году Юрий Исаев назначил своим заместителем бывшего помощника Валентина Коновалова Виктора Гаранина (ранее осужденного по делу «лесной мафии»), который свои должностные обязанности фактически не исполнял, но при этом исправно получал заработную плату. Для этого в рабочий табель вносились недостоверные сведения. 

В декабре 2023 года фигуранта оштрафовали на 300 тысяч рублей, а также обязали возместить нанесенный ущерб. После Исаев пытался устроится советником в администрацию Черногорска, но что-то пошло не так. В итоге Юрия Исаева назначали руководителем «Хакасресводоканала».